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崇祯十年二月，即位不到一个月的太子朱慈烺主动禅位给弟弟定王，年号依然是夏天南定下的永历，自己则变成了一个普通的皇子，而且终身没有踏出慈庆宫方圆一里的范围。杨嗣昌和吴三桂则以“矫诏”并且擅自残害同僚的罪名被处斩，帮助朱慈烺顶了罪，两万关宁铁骑被收编，与山东的骑兵合并，组成了一支三万人左右的精锐骑兵。
辽东军阀集团的话事人祖大寿则接到了京城的命令，让他进京面圣，并“高升”为五军都督府左都督，同时协理京营戎政。放在以往，这种“杯酒释兵权”的套路绝不会让祖大寿上钩，可是当吴三桂被处斩的消息传回来后，加上琼海军宣称即将北上宁远“演习”，面对重重压力，祖大寿终于在夏天南派出的秘使威逼利诱下放弃了军权，去京城养老。接替辽东总兵官和征辽前锋将军的人选则是在辽南立下赫赫战功的孛日帖赤那，也就是前琼海军陆战队指挥官慕容龙城。接替陆战队指挥权的则是副手博尔忽。
永历皇帝继承大统后，颁布圣旨，在京城修建“征虏大将军府”，规定全国军事和重大政治决定都要通过大将军的决定才能施行。永历元年之后，大将军府成了明王朝实际上的权力中心，与日本的幕府有异曲同工之妙。夏天南通过这种“和平演变”的方式掌握了大权，却没有引起全国太大的反弹。
琼海军成了将军府直属部队，将驻地移到了天津卫，并且继续扩充，达到了八万人，并保持了将近五万人的预备役部队。由于大将军府决定今后的对外战争都交给琼海军承担，所以几大边镇的军队，除了关宁军是按照琼海军的方式改编外，其余边镇都进行了兵员清理，裁撤冗员、削减空饷名额，缩减了军队规模，据实拨付粮饷，一定程度上减轻了中央财政负担。
因为荷兰东印度公司的屈服、西班牙势力的衰退，南面海疆没有了强大的对手，海军仅在琼州保持了一支常备舰队守住南海门户，其余战舰都调到了渤海湾，配合扩编后的陆战队，以旅顺口、皮岛为据点，以登莱为后方基地，掌握了辽南半岛的控制权，保持对满清的压力。面对辽南能够威胁后方腹心之地的“钉子”，以及重新改编后更具攻击性的关宁军，皇太极不敢轻举妄动，接下来的两三年都不敢发动大规模的军事攻击，几次对宁锦防线和辽南的试探性进攻都被轻而易举化解。以往那种绕过长城，在内陆如入无人之境的现象一去不复返。
遏制住满清的南下后，夏天南腾出手来收拾国内局面。扩编后的第二军和第三军共计五万多人挺进西北，第一军则留在北直隶作为守卫京城的卫戍部队。五省总督洪承畴成了剿寇总顾问，负责调度原有的官兵协助琼海军作战。
为了支撑全国的军事行动，在台湾开发立下大功的朱大典被调回，任命为两江总督，负责整个江南地区及江西、河南的军政事务，兼理粮饷和两淮盐政。跟随他返回内陆的，还有台湾垦荒历练出来的一万多屯丁。朱大典接到的指令，是对江南这个富庶之地进行清丈隐田，一劳永逸地解决明末财政问题，实现赋役均平。
轰轰烈烈的清丈隐田全面铺开，触犯了很多勋贵、豪绅、官宦的利益，明里暗里的抵制层出不穷。宗室勋贵公开抵抗清丈，官员、豪绅暗中贿赂办事人员，并将余粮隐藏，并串联沟通，喊出了“不纳粒米与朝廷”的口号，企图以整个江南拒绝缴纳粮赋的办法施加压力，让清丈流产。
大将军府的应对办法是从台湾、琼州调集数十万石粮食海运入京，弥补江南没有及时缴纳上解粮赋的亏空，并针对性发出了“宁远不征江南一粒米，也要清丈到底”的强音。有了这样的底气，朱大典在夏天南的授意下对江南的特权阶层进行了“史上最严酷的打击”。参与抵制的勋贵们被永历皇帝下旨或贬为庶人，或被削夺宗禄；涉及到的官员一律免职；豪绅则抄查家产，“锁拿治罪”。
铁腕政策让清丈隐田得以顺利进行，比张居正时代的改革更为成功，根据新编的鱼鳞图册，江南地区新增的田亩达到了三万万亩（3亿亩），大明捉襟见肘的赋税囧境一夜之间就解决了。
有了充足的粮饷作为支持，西北的军事行动异常顺利。面对先后击败过两任“闯王”的琼海军，无论是张献忠、罗汝才还是老回回，大小流寇势力都是望风而逃，不敢正面决战。大将军府制定的剿寇策略是“步步为营”，每打下一个地方，就建立屯堡，收拢流民恢复耕种，同时用军事化手段管理流民，形成了类似卫所的屯丁。这样既避免了流民因为食不果腹重新被裹挟作乱，又巩固了当地的防务。即使流寇杀个回马枪，重新流窜回来，在武装起来的屯丁面前也占不到便宜，而且很快会遭到闻讯而来的正规军打击。
在这样的策略面前，流寇的空间被一步步压缩，最终于永历三年初，知名的头目全部被剿杀干净，余下的零星势力则选择了招安，困扰大明王朝十几年的难题被化解。
成功“安内”之后，“攘外”也进入了实质性阶段。大将军府调集八万琼海军、五万预备役部队、整编后的剿寇官兵和九边精兵共计二十余万人，集全国之力，正式拉开了北伐的序幕。
战场选择的主动权掌握在夏天南手中，在过了山海关一路推进并击败了满清的几支偏师之后，皇太极率领八旗精锐，加上蒙古、朝鲜等仆从军共计三十余万人，与北伐大军进行决战。决战的地点很微妙，正是大凌河——这个曾让明朝彻底走向衰亡的转折性战役的所在地。
双方投入的军队加上辎重等辅助部队已经超过了百万，投入大大小小的火炮总数超过了两千门，达到了古代战争火炮使用数量的顶峰——当然绝大部分火炮都掌握在琼海军手中，由于“三顺王”的覆灭，满清并没有像另外一个时空一样获得相对完整的铸炮技术，装备的火炮比例低的可怜，多数为缴获或者仿制的粗劣货色。
北伐大军有占据压倒优势的火器化部队，作战方式之先进远胜传统的明军和骑射步战为主的满清军队，加上数量可观的骑兵部队辅助，火力强度和机动性兼具，经过几日的惨烈战斗后，付出了伤亡近两万人的代价，歼灭满清十余万精锐，逼得皇太极带领满清贵族仓皇逃回盛京，取得决定性的胜利。
作为最高主帅的夏天南并没有满足这样的战绩，而是继续北上，直接打到了盛京城下。数千门火炮开始了不分昼夜的轰击，威力巨大的臼炮更是让满清焦头烂额。
满清统治阶层的矛盾在强敌的步步紧逼下爆发了，原本对皇太极的强势本就不满的旗主们开始了内讧，战还是和的选择让贵族们分成了两派。内忧外患之下，皇太极身体垮了，重病不起，在大军围城的第十五天死在病榻上。多尔衮临危受命，成了暂时的领袖。
经过令人窒息的讨论后，最终满清统治者选择了求和，并且答应了夏天南提出的屈辱性的条件：1、向大明投降，满清的地盘回归大明版图，2、解除旗丁武装，包括打猎的工具在内，铁器要统一登记备案，隐瞒武器者重罪，并实行连坐；3、每年筛选身体健康的年轻女子迁入关内，关外各旗各牛录，每户不管几兄弟，只能有一人有资格娶妻。
这种另类版本的减丁政策让满清人口逐年减少，加上严格的铁器管制，三五年之后彻底失去了对大明的威胁，从此海清河晏，再无外患。
夏天南依靠大将军府掌握政权，让皇帝彻底成了傀儡，终其一生，没有当皇帝。六十岁时，把大将军之位传给了长子夏华，从此开创了大明版的幕府时代。
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