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1944年，军统进入全盛时期，戴笠便成了特工皇帝，说一不二，牛气冲天。
当年，军统共有内外勤709个单位、电台569座、工作人员5万余人，由军统直接领导的忠救军、别动队等庞大的特务武装还不计算在内，至于由军统控制运用的外围组织更是难以计算。
戴对这样一个局面是亦喜亦忧的，喜的是，感到军统一天天发展壮大，人财兴旺。他甚至对部下讲：“看一个人家兴旺不兴旺，只受看看吃饭的筷子就知道。如果一家人天天是那几双筷子，便可以说明不是兴旺气象。真的兴旺人家，筷子的数目是弄不清楚的。”忧的是，戴笠深感由于人员发展过快，团体过于庞大，带来了复杂的人事关系，内部人员贪污、浪费，工作不负责任，敷衍了事，骄横跋扈，胡作非为等违法乱纪的事情层出不穷。
更令戴笠难堪的是，军令部的消息居然会跑到曾家岩50号周恩来公馆里去。至于人事处始终不能拿出一份准确的局本部内勤人员花名册，供戴笠纪念周上点名用。总务处、经理处弄不清军统有多少家产。会计室在计算米贷金时，竟少算了米贷金100多万元。秘书室竟把呈送蒋介石的公文也弄错等等，为此，戴笠在军统后期的整顿和发展方面，大讲“迅速精细”。在这种原则的要求下，特务们成天提心吊胆，战战兢兢，以致戴的心腹都感叹：“长此真有成神经病的可能。长官待部下之严以及部属之畏长官，在全国恐再找不出第二个人来。”
抗战后期，戴笠几乎是以神经质的手段，对军统这座特工王国进行统治。他甚至可以以除奸演习为名，把军统大特务、重庆警察局督察处长东方白作为汉奸抓起来送进望龙门监狱，以致使军统局上下莫不感到莫名其妙，一起感到“这罪名离目标太远了”。
重庆卫戍总司令部稽查处处长廖公劭因为吃了走私贩毒商人的一次宴请，并受了贿，经人告发后，由戴笠下令将其送进望龙门监狱，关到过年的时候才被放出来。
重庆市警察局侦缉大队大队长谈荣章被人告发，由戴下令在过年前送进去。一个出来，一个进去，特务们已到了习以为常的地步，自感在戴笠手下工作“什么时候都保不住的，出来的用不着害怕，进去的用不着难过，在外面的用不着骄傲”。能如此，方可在戴笠手下工作，这就是当时许多军统大特务的心境。
总之，自毛人凤以下的大小特务，无论资格多老，职务多高，能力多强，只要是一言不合，一事不慎，被戴笠撞见或掌握，轻则是一顿训斥谩骂，重则是遭拳打脚踢，或被送进监狱，一关数月、一年。
1944年11月11日，日军在打通大陆交通线的“一号作战”中攻陷桂林。在这之前，由于军统人事处长龚仙舫、电讯处长魏大铭及总务处长未能及时将进入桂林的潜伏组派出，戴笠当即宣布给军统3个少将判处2年徒刑，勒令他们当时就回去交待工作。
宣布后，戴笠又有些懊悔，3个少将当时是军统的三大台柱，也是戴笠的得力助手，岂能一关就是2年。但是已经当面“判决”了，戴笠一时又不好改口。经过一番犹豫不决，居然给想到一个就坡下驴的办法。
第2天，戴笠又把3位少将叫去，当面宣判缓刑2年执行，另外每个处关1个副科长进去，代处长坐牢。如此自立法度、惩戒部属，真是闻所未闻。戴笠凶横霸道，作威作势，由此可见一斑。
以戴笠之威，军统上下莫不噤若寒蝉，但也有一些大特务在脱离了戴笠的掌握后，往往借机大骂戴笠一通，以发泄心中的不满。
抗战后期，戴笠下令在中美所大礼堂后面的山坡上，竖立了一块石碑，以纪念那些所谓为团体事业献身的军统“烈士”。因特务工作本属于黑幕范围，碑上当然不好刻上“立传”的文字，因此只好以“无字碑”名之，美其名曰“无名英雄碑”。
抗战初期，因招收学生军训一事被戴笠气跑的梁干乔自西安到重庆看病，出于一时兴起，慕名到中美所去看无字碑。岂知卫兵因不认识这位当年老资格的军统大特务、现在已是胡宗南手下的大红人，居然教训梁干乔要脱帽、肃静。这一下伤害了梁的自尊心，触到了梁多年来对戴笠的痛恨之处，梁立即摆出“十人团”元老、复兴社高干、特务处书记长的派头，借题发挥，指着“无字碑”大骂起来：
“既然无名，就不应该立碑。立了碑，就是唯恐人不知。又要当婊子，又要起贞节牌坊。可耻！可耻！”
这一番话很快被报告到戴笠那里，戴虽有特工帝王之尊之威，可是对梁干乔这样的人却无可奈何，只好自己解嘲说：“梁干乔是有名的梁神经，神志不清罗！”
这一次，戴笠破例连饭也没有敢请梁干乔吃。真是魔王碰到“神经”，有理也说不清。
随着抗战形势的不断好转，以及戴笠的特工权力越来越大，有一个问题总是象幽灵一样始终在戴笠脑子里徘徊，久挥不散。这就是蒋的猜忌及自己的地位前途问题。戴笠深知“鸟尽弓藏”和“权重震主”这两句话的份量，蒋必有一天要对自己下手。
1944年初，蒋决定加强对特务工作的控制，下令在原先建立的甲种汇报和乙种汇报之外，成立特务工作的年度汇报。
第一次汇报于1944年2月24日在蒋官邸举行，由蒋亲自主持。出席者有侍从室六组组长唐纵、军统局副局长戴笠、中统局副局长徐恩曾（后由叶秀峰接替）、军令部二厅厅长杨宣诚（后由郑介民接替）、国际问题研究所所长王某、中央党政军联席会议秘书长徐佛观、缉私署长宣铁吾、宪兵司令张镇等特工头目。
会议的内容是由各特工系统的头目汇报年度工作，交换各系统的情报，听取蒋对特务工作的指示等等。会议名义上是由蒋主持，但是代表蒋做主要发言的却是唐纵。
戴笠由于从唐纵处事先了解到这些会议的主要议题和蒋在这段时期内对情报工作注视的侧面，充分进行了准备，结果在会上汇报时，由于材料丰富，所谈问题又正是蒋所关心的问题，颇称蒋意，蒋也当场嘉勉几句，而对茫然不知所措的徐恩曾则申斥一番。但是，在这种会议上起真正作用和出足风头的却是唐纵。
在年度汇报之后，蒋又指示成立月度汇报。月度汇报地点设在军统局本部大院对面的漱庐。唐纵参加月度汇报是以蒋介石的代表身份出席的，因此，汇报一般由他主持，并由他先传达蒋介石对各特务系统所呈送情报的看法及应当注意的问题。戴笠只是尽地主之谊，负责召集和接待。
建立年度和月度汇报制度，这是蒋介石对特务工作加强控制的一大改进措施。在抗战以前，蒋基本上是以单线联系的方式控制和领导特务工作，特务活动完全在黑幕中进行。抗战以后，除中、军统两大特务机关外，又加强了军令部二厅、国际问题研究所、中央党政军联席会议、宪兵司令部、财政部缉私署等特工情报系统的活动，特务组织恶性膨胀，各种情报多而庞杂，蒋介石深感难以全面掌握控制，因而特设侍从室第六组加以襄助。
蒋除重要情报及重大情报仍由自己亲自掌握外，一般情报和行动，则交由第六组去综合、校核、整理、分析、指导而后上报。这就使第六组组长唐纵居于承转启合的关键地位。
唐纵自从抗战中期出任军统局帮办以后，已看出蒋对戴的猜忌与戒备之心，因而暗中与戴保持一定的距离，在中、军统的关系上注意摆平，对戴笠以及军统内部存在的问题也能及时如实向蒋密报，唐本出自军统，对军统内部的情况相当熟悉，知道如何抓住问题的要害，向蒋进言，也就更加赢得蒋的宠信。
蒋于此开始着意培植唐纵，以抑制或取代戴。所谓建立特工年度汇报和月度汇报，蒋固然有发挥特务系统整体效率的打算，也有通过两个汇报来进一步发挥唐纵的特殊作用，以抑制戴笠的考虑。从此以后，唐纵经过自己的持久努力，不但使第六组成为蒋直接控制运用的机要情报和政治谋略机构，而且实际上也成为蒋借以联系和指导军统、中统、军令部二厅、国际问题研究所、中央党政军联席会议秘书处，以及宪兵司令部、财政部缉私署等7大情报机构的总负责。可见唐的地位似乎已在戴笠之上，而戴笠不过是与徐恩曾、郑介民、徐佛观等特务首脑一样身份的某个特工系统的负责人。
蒋的这一手法确实高明，高明得难以猜度，不过，还是有唐纵这位猜度大师的心领神会。当时，在军统内部，自戴笠以下，都是十分自负的，从不把中统等其他特务机构放在眼里。
有一次，唐纵代替戴笠到军统局主持总理纪念周。
休息时，党政处副处长叶翔之问唐纵：“军统的情报在全国搞情报的单位中，是不是首屈一指？”
唐纵毫不客气地回答：“做敌伪情报，军统办法比较多一些；军事情报还是二厅好；搞民主党派和对中共方面的情报，中统占优势。”
由于此语出自唐纵之口，因而被认为是权威的评价，这给素来妄自尊大的军统特务们多少泼了点冷水。这也是唐纵间接告诉戴笠，在特务工作方面，他并不能取代其他特工系统，一手遮天。
戴笠神经是十分敏感的。蒋的抑制手段，唐的地位迅速上升，都使他确信自己的处境是很微妙的，一步不慎，就有可能凶险加身。但在内心深处，他又希望处处能逢凶化吉，遇难呈祥。
戴笠一生中是不相信鬼神的，但是却十分迷信命相和地理风水。抗战中期以来，戴笠通过秘书周念行给他讲史，了解到在明、清两代，江山县曾出过两位大人物：一位是明嘉靖、隆庆年间的尚书毛恺，因上疏主张“禁滥狱”，缓和阶级矛盾，触犯龙颜，死后仍被穆宗皇帝削去官职；另一位是清乾隆年间的台湾总兵、福建陆路提督柴大纪，因台湾“天地会”林爽文领导反清起义，未能及时扑灭，被清廷斩首。
这两个历史人物的悲剧，给戴笠心理上影响很深。他认为自己是继毛恺、柴大纪之后第三个在江山县影响最大的人物，会不会像毛、柴一样不得善终呢？
为了能从江山县的山水地理方面寻找答案，1944年4月，戴笠在陪同梅乐斯赴东南视察期间绕道江山县，召见刚从上海潜逃回到浙西的毛森与军统局东南办事处主任毛万里，指示他们对毛、柴二人出生的石门、长台两乡的地理风水进行勘察。毛万里、毛森奉命踏勘，果然有惊人之语。
他们勘测到江山县的地势南高北低，雨水一泻千里，难以蓄积，故穷山涸水，养不住大鱼，大人物难以善终。戴笠听完“两毛”的这一番宏论高见，深以为是。联想到自己命中缺“水”的命相，不禁有毛骨悚然之感。
1944年，随着盟军在太平洋上越来越强大的攻势和欧洲第二战场的开辟，德、日法西斯的末日已屈指可数，抗战胜利的曙光隐约可见。为此，戴笠抓紧时机加强全面部署，以攫取抗战胜利的成果。
军统在抗战时期对沦陷区的工作到1944年为止，基本上形成了以安徽界首、浙江淳安、福建建阳三大基地为前沿据点的扇形工作区域。
安徽界首是戴笠借助汤恩伯的势力建成较早的前沿根据地。界首本是豫皖交界处的一个小镇，但从抗战中期开始，这里几乎成了各种政治力量较量和角逐的场所。
为了确保具有重要战略地位的界首镇的安全，汤恩伯派嫡系王仲廉的第三十一集团军驻进这一弹丸之地，并在界首设立警备司令部，以达到长期经营的目的。特别是抗战后期，界首因临近沦陷区，成了中原地区蒋日汪之间进行经济走私的著名“阴阳界”。
不但汤恩伯在此设立“物资管理处”，大做投机生意，蒋鼎文、李宗仁也都派人在界首设立战区办事处，就是远在西安的胡宗南，也无数次地派人到界首招兵买马，以扩张实力，弄得汤恩伯大发脾气，说：“胡宗南今天也招收青年学生，明天也招收青年学生，实在是欺人太甚，连我控制的四省边区都成了他的招生所，这还成话。”
戴笠更是看中这块战略要地是他开展反共、策反汪伪军、进行经济走私、监视国民党军队等特工活动的好地方，在汤恩伯的全力支持下不惜花大力量进行经营，先后在界首设立的高级特务机构，有以周兆棋为主任的第三十一集团军调查统计室兼界首警备司令部调查统计室；以刘国宪为处长的界首警备司令部稽查处；以周麟祥为副主任的军统临泉特训班；以乔家才为总队长的四省边区党政工作总队；以刘培初为总队长的第一战区副长官部工作总队；以王兆槐为处长的财政部界首货运分处；以袁佐唐为专员的华北策反专员公署，等等。
一时间，界首这一弹丸之地，设立了如此之多的特务机构，戴笠犹觉不多。尤其是在中原、华北一带的伪军中，有些是张学良的东北军旧部，这些人在张学良被囚禁、东北军解体后，一时失去重心，顿感理想破灭，前途渺茫，无所依靠，有不少人很快在日伪的勾引下，纷纷落水当了汉奸。
如何把这批人策反过来，便是日后与共产党争夺中原和华北地区的一股重要力量。正在戴笠冥思苦想的时候，在军统息烽特训班当教官的陈昶新找上门来，向戴笠提出愿为准备大反攻而策反旧东北军政人员的想法。这在戴笠来说正是求之不得的绝佳人选，于是很快任命陈昶新为军统东北特别站站长，为他配备了秘书、特派员、会计、情报特务、电台台长、报务员等，于1944年初由戴笠亲自盛宴欢送北上，派到界首镇开展活动。
临行前，戴笠交给陈昶新4项任务：一是策反已当了汉奸的东北军旧部，如有已参加八路军、新四军的东北军旧部，亦属策反之列；二是抚慰已投靠蒋介石的旧东北军政人员。例如当时部队驻防在皖北、苏北一带的何柱国第十五集团军中的第二军团（由原东北军骑兵第二军扩编而成），是仅存的东北军旧部。戴笠指示陈昶新对何柱国加以抚慰，以防这些人产生离心倾向；三是组建军统东北地区的情报组织，以填补军统覆盖区域的空白；四是搜集情报，可以通过分布在中原、华北、东北地区的东北军旧部，建立一个覆盖以上地区的情报网。
戴笠还指出，作为“特别站”的含义，不但表示它的级别要高于一般的省站，而且它的活动范围与性质也与省站有别，除了东北是基本活动区域外，其他如华北、中原、华东、西南地区凡是旧东北军出身的汪伪汉奸，都是东北特别站的策反与情报工作对象。虽然戴笠极力对陈昶新给以高位予以重用，内心依然对其怀有戒心，在军统东北特别站的班底中，暗中安排亲信，对其进行严密监视。
其实，陈昶新确是别有企图的。他这次北上的重要目的，就是要以策反和联络旧东北军人员为幌子，再建东北实力集团，并为此制订了一个“渗透纵队行动大纲”，秘密进行活动。
陈昶新到界首后，仅几个月时间，就从河南商丘、山东济南、河北天津、北平到东北锦州、沈阳、吉林等地，相继建立了组织活动，有的情报人员已深入日本特务机关，窃取到一些重要情报，及时报送界首。
为进一步检查督促和周密部署前沿根据地的策反及情报活动，戴笠于1944年3月亲到界首视察，听取各个特务机构的汇报，指示他们要加强与汪伪军的联系，扩充实力，做好对中共军队的情报工作，随时准备在抗战胜利后与共产党争夺天下。
在界首期间，戴笠与汤恩伯还秘密会见了化装前来的汪伪第四方面军总司令张岚峰，双方具体商定合作的计划，戴除了向张做出可靠的政治保证外，还当场向张岚峰赠送了手枪、金表等礼物。事后，汤恩伯还亲笔写了一通“手谕”，派张岚峰为“先遣军总指挥”，这是全国第一张委任汉奸的手令。
军统建立的第二个前沿基地是中美所东南办事处。由于该处位于东南沿海最前沿地带的福建建阳，故特别受到戴笠和梅乐斯的重视。除中美所参谋长李崇诗长驻指挥外，戴笠、梅乐斯每年都要前往该地区视察。为了能通过建阳据点就近指挥军统在东南沿海地区的所有组织机构，戴笠将东南办事处的机构不断充实扩大，先后设置了军事、情报、训练、人事、总务等科和秘书、会计、督察等室。这是军统所有外勤组织最庞大完备的机构设置。
当时，不但中美所设立的闽侯站、定海站、漳州站、上海站及前进指挥所归其领导，就是军统建立的建瓯、漳州、玉壶、雄村等大型特训班和战时货运局东南运输站等单位也归其节制监督。李崇诗同时还兼任军统广东缉私处处长和货运处处长等要职，就近领导东南地区的缉私和货运工作。
建阳前沿据点的另一项任务，就是就近指导华南地区对伪军将领的策反活动。早在1943年春间，戴笠就批准在澳门成立粤海站（后改为光粤站，并迁往广州），任务是策反广州要塞司令招桂章。这是军统建立的第一个专事策反汉奸的外勤站级机构。
1944年，汪精卫赴日治疗枪伤，陈璧君因此常到广州居住，并不时秘密到澳门南环香炉灰4号其母卫月朗的旧宅小住数日，戴笠得到消息后，立派军统临澧特训班毕业的女特务徐燕霜潜赴澳门，会合粤海站，设法收买卫宅的女管家，伺机进入卫宅谋杀陈璧君。
当时拟定的行动方案是，将一种无色无味的毒药粉末，注入小如半粒瓜子仁的极薄胶片内，然后贴藏在徐燕霜的长指甲内。当徐扮作公仆捧茶奉陈时，只须将指甲在茶内浸一下，药即可溶解，将人毒毙，而且了无痕迹。粤海站站长何崇校受命后，即安排徐燕霜等待机会，因陈璧君此后未来澳门，也就终无机会下手。
由于美军在太平洋的越岛进攻的速度加快，接应美军在中国东南沿海登陆计划的实施日期越来越接近，戴笠与梅乐斯、史密斯于1944年4月再次前往东南沿海地区视察，检查落实接应美军登陆计划的各项准备活动。
戴笠利用这次南行的机会先到家乡江山县参加肇和中学的校庆。然后兼程赶到福建建瓯东南特训班，主持该班第一期学生的毕业典礼。该期学生受训长达3年之久，是戴笠所办的特训班中绝无仅有的。戴笠把这批学生保存到现在分配，目的就是要让他们在反法西斯战争取得决定性胜利时出去与共产党争夺天下。
毕业典礼前，戴笠、梅乐斯决定亲自检查训练效果。早在这之前6个月，戴笠就派局本部训练处少校人事考核股股长邹凤吟陪同9名美国教官来东南班督训，督训目标是加强技术方面的海水测定等训练，为盟军在福建沿海登陆做准备。
检查督训效果的方式主要是为戴、梅安排了两次战地实习：
一次是爆破福州市的敌伪据点，派遣学生100人携带炸药，化装潜入福州市区，在日伪司令部及其他机关、仓库、据点，安置爆破点，定时一齐爆破，然后四面伏击，完成任务后撤回；
一次是突袭海岛上的日军大仓库，派遣学生30人持手提式机枪，乘敌军晚餐时突然登岛袭击，消灭敌守备军1个连，然后放火烧毁军火仓库撤回。
两次战地实习均取得较好效果，戴笠、梅乐斯较为满意。
在分配学生过程中，戴笠用了很多时间，找学生分别谈话，了解掌握每个学生的特点，然后先从中挑选了300余名男女学生，秘密派遣到南京、上海、杭州一带日占区搜集情报，建立电台，策反伪军，同时与敌伪合作打击新四军和袭击中共游击队，等待日军投降时做接收工作。
其余的300余名学生分配方向也大都是去东南沿海省区的军统系统工作。一部分在职特务大都回原单位提升一级任用，其余的非在职出身的分配到军委会、外交部、财政部各经济部门和第三战区的政治部、参谋处、情报处以及各杂牌部队的情报部门。
学生分配完毕的毕业典礼上，（那时仅限于东南班）戴笠没有理由不参加这个光荣的典礼。梅乐斯也陪着去了，他跟戴笠都发表了讲话。
戴笠着重讲了日军一旦溃退，中央军尚未赶到之时，如何确保大城市不落在异党异军之手？提醒学生最重要的任务就是要抓住时机，对分布在广大沦陷区的伪军进行策反，一方面在反攻未来临之前为我方提供情报，一方面在反攻来临时对日军起一定的牵制作用，配合我军的反攻，防止东南沿海的各大中心城市落人异党异军之手。
在福建建阳东峰期间，戴笠与梅乐斯接见了海上游击队头目张逸舟、张为邦的私人代表。抗战前，福建沿海的岛屿，北起福鼎的大嵛山（福瑶岛），南迄粤闽沿海交界处的南澳岛，长达400多海里，均为海盗渊薮。汪伪政权建立后，把各岛屿的海匪一律收编为“福建和平救国军第二集团军”，委派海匪大头目张逸舟为总司令，黄玉树、郑德明为副司令，所有北起大嵛、南迄南澳各海岛上的海匪统归其管辖，共4000余人。司令部设在马祖岛。
中美所成立后，出于这些海岛所据有的重要战略地位，戴笠指示军统闽北站、闽南站相机策反他们。于是，闽北站、闽南站相继派出“海外组”和“南竿塘组”（马祖组）上岛进行策动。这些海匪本没有什么政治倾向，他们见日伪大势已去，也就愿和军统靠拢。张为邦部约2000余人，设总部于崇明岛，属忠义救国军京沪区指挥部系统。戴笠、梅乐斯在接见“二张”私人代表的过程中，做了许多口头许诺，并要他们积极做好准备，接应美军从东南沿海登陆等等。
就在戴笠、梅乐斯一行视察东南沿海地区的途中，国际反法西斯战争形势发生了重大变化。6月6日，美英联军从法国西北部的诺曼底登陆，欧洲反法西斯的第二战场开辟。6月中旬，美国太平洋第五舰队开始向被视为保护日本本土屏障、太平洋上“防波堤”的马里亚纳群岛发动猛攻。7月6日，美海军陆战队占领马里亚纳群岛的首府塞班岛，对日本列岛造成直接威胁。
戴笠、梅乐斯在东南得到这些消息后，十分振奋，认为美军在中国沿海登陆的战役将提前展开。立即调整部署，加快实施步伐。为此，戴笠召集中美所前进指挥所指挥官毛森等人到浙江沿海地区，组织“忠义救国军温台区指挥部”，派曾任“忠义救国军”参谋处长和淞沪指挥官的郭履洲任温台区指挥官，策划实施在浙江沿海接应美军登陆的行动。并成立“东南挺进军”，以毛森为指挥官，积极展开在陆上接应配合美军作战的活动。
毛森受命后，于浙北于潜县乐平设立指挥部。此地接近抗日前线，便于指挥敌占区工作。梅乐斯并派皮尔上尉到乐平协助毛森开办爆破人员训练班，广泛深入敌占区搜集情报，狙杀日寇汉奸，炸毁敌伪控制的桥梁等。
在此次东南行程中，戴笠再次绕道江西铅山五都拜会顾祝同，商量成立第三战区长官部调查室事宜，得到顾的支持。戴将调查室设于铅山城内万寿宫，并任命毛万里为第一任主任。其任务除监视第三战区的各级将领、搜集三战区的中共情报外，主要是配合中美所东南办事处、忠义救国军、东南挺进军等军统组织的工作。
地处浙西山区的淳安是军统建成较晚的第三个前沿根据地。由于淳安位于新安江畔，深藏浙西山地，背靠皖南山区和赣东北山地的国民党第三战区，故这里成为杜月笙、戴笠合开的“通济公司”前进办事处的所在地，专营从上海采购走私物资到大后方的中转站与阴阳界口。
戴笠在1944年的东南之行中，突然发现淳安的重要战略地理位置，决定进一步将淳安建成对京、沪、杭进行反攻的前沿基地。指示设立军统淳安站，并将中美所前进指挥所设于此处，军统浙江省缉私处、货运处、贡示特别站、忠救军调查室等军统组织也先后迁至淳安或周围地。1年后，这里更成为戴笠组织指挥大接收的前沿大本营。
军统的三大前沿根据地在抗战胜利前夕成为军统的工作中心，戴笠在后期几乎在这三个地区及重庆之间穿梭往来以指挥军统活动，对军统在抗战胜利时的大接收确是起到了前沿和捷足先登的作用。
随着抗战胜利的即将到来，蒋介石不但在政策上，而且在工作部署上，都做出了重大调整。
一方面，对抗战采取避战观战的方针，以达到保存实力，准备内战的企图；另一方面，则在其反共方面进行具体部署，把注意力和工作重心再次转向西北，从抗战前线的大军中分出兵力调往陕甘宁边区，进行封锁围堵，对各战区的中共武装也都予以严密监视，伺机给予打击。对此，就连美国驻华大使馆二等秘书戴维斯都看出了蒋介石的企图，并向美国政府报告说：“蒋介石与日本有勾结的迹象”、“国民政府囤积租借物资，以备内战”，“美国应要求国民政府解除对共产党的封锁”。
1945年初，戴笠执行蒋介石的反共指示，专程到西安视察，与胡宗南商量抗日战争的形势及胜利后的合作问题，并了解部署军统北方区的策反活动与反共措施等工作。
1944年夏，日军发动中原战役，国民党数十万大军望风披靡，军统局在中原和华北地区的特务组织完全垮台。戴笠下令把原晋陕区改组为北方区，其管辖范围包括山西、陕西、河南、河北、察哈尔5省。并派军统大特务、军统华北办事处主任文强任北方区区长，名义上由北方区统一指挥整个华北的活动，实际上对于华北地区的特务组织根本未做恢复的打算，只是要求华北的特务组织除策反活动外，主要是集中力量配合胡宗南的数十万大军对陕甘宁边区进行更严密的监视、封锁及破坏活动，及时根据胡宗南在军事方面的要求，供应关于陕甘宁边区和进步势力方面的情报，并对各地的中共地下组织进行破坏打击等等。
戴笠在西安期间，召见军统北方区区长文强，在询问了对华北五省的策反工作部署后，说：“西欧战场继北非战场而取得胜利，即将决定第二次世界大战的胜利。不论日本如何顽强，失败的命运是挽救不了的。中国的问题不是对外而是对内。对内是与共产党争天下的问题。好在校长胸有成竹，早有准备，前途是必操胜算的。校长将策反任务交给我。我估计华北、东北的汉奸武装不会少于150万，东南、华中约有百万之多，华南约20多万，共计约300万人，战斗力虽不强，摇旗呐喊，不失为一大力量。本局早已注意策略，执行曲线救国，等于将鱼养在池塘里，当下网的时候就撒网，当吃的时候就吃。我手上掌握的近20万游击部队，受过美式训练和持有美械轻装备的已超过10万人。打算在将来反正的汉奸部队中挑选精锐20万人，练成‘戚家军’，一并奉送给胡宗南来统驭打天下。”
由此可见，戴笠此次西安之行，与胡宗南共同分析抗战形势及胜利后合作的问题，都是围绕反共问题而大作文章的。
在西安期间，戴笠抽出时间视察了中美所牛东训练班。该班也是因1944年夏季的中原战役而由河南临汝县风穴寺迁过来的。戴笠感到这个班是唯一设在反共前线的特训班，因而十分重视，并与梅乐斯来该班视察过，强调要把该班办成西北地区训练反共特工武装的基地。
鉴于美军的进攻势头越来越猛，日军在太平洋上的战略要地一个一个地丢失，其海上交通线日益置于盟军舰队、潜艇和飞机的打击之下，因而在沿海的移动与补给受到越来越大的影响。
为此，日本大本营要求于1944年4月下旬从河南境内的黄河北岸发动攻势，1个半月打通平汉铁路，6月至9月打通粤汉和湘桂铁路。这是日军在中国大陆上发动的最后一次大规模进攻，故又称“最后一跳”。
面对日本最后一跳的苟延残喘，国民党发动了豫湘桂大战役，想一举击败日军，但是却大失所望，遭到惨败。
豫湘桂战役，是抗战以来国民党战场的第二次战略大溃败，其结果是国民党损失兵力六七十万人，丧失大小城市146个、国土20万平方公里，使6000多万人民陷入日军奴役之下，7个航空基地，36个飞机场也陷入敌手。
国民党军队的这场大惨败，从根本上来说是蒋介石推行消极抗战、积极反共政策的恶果，但是，就戴笠来说，也有不可辞咎的责任。首先，戴笠对日军的整个行动，未能在预先有情报提供统帅部决策，当时，军统的主要精力除了策反、反共外，就是搞走私牟利，完全不把对日情报工作放在重要位置。其次，戴笠与处在抗战第一线的汤恩伯虽然有很深的关系，但是，他们不是团结抗战，而是合作反共。就在日军发动“一号攻势”的前1个月，戴笠还在汤部视察，共同密谋成立两个规模很大的党政工作总队，由戴笠派军统大特务主持，任务是在第一战区及四省边区开展反共活动。
汤恩伯本人也在胡宗南召开的中原战役检讨会上承认：“我看中原之败，失陷在日寇之手不足惜，问题是为共产党造成了机会。中条山之失是这样。太行山之败也是这样。我在四省边区苦心经营，主要目的是对付共产党，可惜日寇打碎了我的计划。”汤恩伯在失败之后，仍念念不忘反共，可见他和戴笠在反共问题上勾结之深。日军的“最后一跳”，并没有能使蒋介石、戴笠等人警醒，戴笠继续按他的“既定方针”积极实施在战后争夺天下的准备工作。
为了能在战后取得海军总司令之职，戴笠注意从多方面搜罗培养军事人才，他除了从陆大及胡宗南部引进一些军事专门人材外，又脱离军统特工业务，在军令部二厅的参谋班内成立了一个高级参谋队，为未来的海军司令部培养高级幕僚人材，并保送了一批军统特务进入陆大学习，以便为他们取得军事主官的任职资格。
戴笠深知自己出身特工，又未能在任何一个部队担任过军事主官，如果由自己独力组建海军司令部是难以得到蒋的恩准的。于是，他很早就在考察如何能找一个既有任职资历，又能让蒋放心的高级将领担任自己的副职，一定能增强自己到海军“组阁”的竞争力。
因此，他精心准备了一张“王牌”放在口袋里，准备随时向蒋“摊”出来，这就是当时远在国外“避难”的桂永清。桂永清本是黄埔一期毕业的复兴社高干，1936年“西安事变”前，已官至第七十八师师长、中央军校教导总队队长、首都警备副司令，被授予中将衔，成为蒋的心腹亲信。但在“西安事变”中，因头脑简单，追随何应钦主张讨伐张、杨，一度不讨蒋喜欢。
抗战初期，桂升任第二十七军军长，但在兰封一战中，因作战不力，受革职处分。不久，调任军委会战时工作干部训练团（简称战干团）四川綦江第一团教育长。1940年6月，桂永清以莫须有的所谓“共产党”的罪名，残忍地活埋青年学生200多人，事发后引起社会舆论的公愤，蒋介石为应付舆论，将桂永清免职后派任驻德大使馆武官，1944年又调任驻英大使馆武官兼军事代表团团长。
戴笠平时与桂永清并无深交，但自桂落难出国后，其父仍住在綦江母家湾，戴笠主动派人经常去桂父处送钱送物，给以照应，此举由桂父写信告诉桂永清，桂果然十分感动，戴、桂关系由此步入佳境，双方成为挚友。
戴笠自有了染指海军的打算后，与桂永清一拍即合，桂开始成为戴口袋里的人，战后，桂永清果然涉足海军，先以副总司令的身份主持海军工作，后升任总司令，这虽是戴笠死后的事情，但大概也是蒋当初念戴提携桂永清的一点情份。
这段时间，戴笠与国民党内政敌的斗争方面，因中统头目徐恩曾失势，戴转向重点打击孔祥熙。1944年春，孔祥熙的亲信、苏浙区烟草专卖局局长王巽之，公然利用职务之便，用卡车向内地走私卷烟，结果被军统贵阳三桥统一检查站扣留。
初期，孔祥熙对王巽之极力加以包庇，但戴笠抓住这件案子不肯放松，一直告到监察院处理。监察院初对王提出弹劾，移送“公务员惩戒委员会”，又以犯罪情节确凿有据，将其移送法院。这时孔祥熙在舆论的夹攻下，已交出财政部长一职。不久宋子文代理行政院长，又将孔从行政院挤出来。王巽之失去靠山，终于被撤职查办。
为了防止孔祥熙东山再起，戴笠一不做、二不休，再次从孔的另一心腹亲信、财政部：直接税署署长高秉坊身上开刀。戴选择高秉坊做打击对象，还有一个原因是戴、高的关系一直很僵。戴任缉私署长时，各地的缉私人员往往借直接税名义敲诈勒索，高往往在原件上批注“请雨农兄阅”，或“送戴署长”。其意在给戴难看，并在财政部部务会上指责财政部的名誉是由缉私署弄坏的，主张各地部署机关牌子上只写机关名称，不冠以财政部3字。戴高由此积怨很深。
戴则利用各种机会搜集高的材料，伺机发难。1945年2月，高的所谓贪污被人告发，高当即被军委会命令撤职，并送交法院。高案发后，戴笠一方面派特务到直接税署侦察情况，搜集材料，一方面不断向法院审判人员出示佐证材料。高秉坊终于被判无期徒刑。
高下台后，其职先由税务署副署长李锐过渡一段时间后，很快由军统大特务、原缉私署主任秘书、战时货物运输管理局副局长王抚洲接任。王主事后，发现直接税署因内部制度管理较严，并不像外面所说的是个发财机关，内心倒有些懊悔。这大概也是戴笠向高秉坊进攻时所藏的一份私心吧。
戴笠在抗战期间与CC系的最后一战是发生在1945年4月。
当时，宋子文主持一次行政院会议，CC系的大头自目果夫突然发难，以财政部战时货运局的种种不法情事为由，力主撤销该局。财政部部长俞鸿钧因为是在CC系支持下入主财政部的，所以也附和陈果夫的提案，宋子文抵挡不住，只得通过撤销货运局的决议。事后，宋向戴解释，我们不能中CC系的离间计。因此，货运局撤销，戴笠再次丢失一块领地。这是CC系因徐恩曾一案而对戴笠的一次回击，算是多少出了一口恶气。
1945年5月，国民党在重庆召开第六次全国代表大会。蒋本来圈定戴笠为国民党六届中央执委。但戴笠寻思，多年来自己树敌太多，特别是要谨防二陈犯难作对，与其让他们做手脚，不如自己干脆谦让给郑介民、唐纵2人去当什么中委，既抽身退步，洁身自好，让二陈找不到靶子，又借此笼络了郑介民、唐纵，更主要的是让蒋介石看到自己谦让中委，显示自己没有政治野心。果然，戴笠在这个问题上一箭三雕，深得蒋的好评。
戴笠策反伪军汉奸的行动，在1945年初也进入最后阶段。这一年春节过后不久，戴笠亲自找到张学良，请他亲笔对原东北集团高级军政人员写信，信的内容大体一样，只是开头的名字和称呼不同。写好，就分别用毛笔誊写在一幅长约30公分、宽约40公分的黄色绫子上。
密信一共33封。信的内容主要是指示收信人服从党国的命令，积极团结抗日，效忠国家民族等等。戴笠拿到这些信后，派专人送交安徽界首的军统东北特别站陈昶新，另外给陈发去一份电报，指示陈尽快设法把信分别送交收信人。陈接戴命把张学良的信送交后，在旧东北集团圈子里引起了巨大反响，纷纷表示愿意投效。
陈昶新的利用价值已被戴笠榨尽，陈昶新至此已开始不被戴笠重视，而加以冷淡搁置了。与此同时，戴笠对华东、华南的伪军汉奸策反工作也已进入最后阶段，一切只等胜利到来，撒网捕鱼了。
1945年6月初，蒋介石派军令部次长熊斌为华北宣抚使，进行所谓策动华北汉奸的反正事宜。行前，戴笠告诉熊斌，军统在华北敌后的主要城市早有布置，有电台，要他在汉中和西安与文强联系，必定有所帮助。果然，熊斌依靠军统的力量，得以把任务完成。这是蒋介石派出的最早的一位接收大员。
至此，蒋、戴对各类汉奸的策反工作大致完成。
1945年3月8日，戴笠正式被国民政府授予少将军衔；不久，蒋介石任命戴笠为军统局局长，也达到了他人生的“最后一跳”。这一跳虽然跳得很远，也很有力，也许最令他遗憾的是没有跳出人民的力量，没有跳到海峡的彼岸。
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